Um dos eixos de actuação da FCT é a internacionalização do Sistema Científico e Tecnológico Nacional, através do apoio a acções de Cooperação Transnacional, enquadradas em Programas Multilaterais e Redes Científicas (COST, CYTED e ESF), bem como em Organizações Internacionais (CERN, EMBC, ESA, ESO, ESRF, GBIF, EurOcean, OCDE e UNESCO).

Ainda no contexto da Cooperação Transnacional, a FCT apoia a realização de projectos conjuntos de C&T, integrados em convénios de cooperação científica e tecnológica ou acordos culturais celebrados entre Portugal e outros países ou instituições, através do financiamento de acções de mobilidade transnacional de investigadores.